細菌やウイルスが薬に対する抵抗力を持ってしまって、薬でその増殖を抑えられなくなることがあります。

抗生物質を使い続けていると、細菌の薬に対する抵抗力が高くなり、薬が効かなくなることがあります。このように、薬への耐性を持った細菌のことを薬剤耐性菌といいます

薬剤耐性は、耐性を持たない別の細菌に伝達され、その細菌も薬剤耐性化になり、次々に連鎖していくことがあります。

近年、実際に現れた耐性菌の例としては、院内感染の起炎菌としてとらえられているメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）が挙げられます。ブドウ球菌は、抗生物質の登場で克服されたかにみえました。しかし、その抗生物質が効かない耐性菌が現れました。その耐性菌を克服するための新しい抗生物質が開発され、さらにその抗生物質も効かない耐性菌がでてくるという、人間と細菌との戦いが続いています。

また、ウイルスに対しては、抗ウイルス剤が開発されてきていますが、抗ウイルス剤が効かない薬剤耐性ウイルスも現れています。そのため、現在、効果的な薬の併用療法や遺伝子工学を応用した薬の開発、生体防御機能を高める方法などの研究が進められています。